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フレックスタイム制における年休や半日年休を設定する場合の留意点
フレックスタイム制とは変形労働時間制の一つで、労使協定で一定期間に（清算期間）における総労働時間を定めておき、労働者はその枠内で、毎日の出社、退社の時刻を自主的に決めることができるという制度です。
この労使協定では、①対象となる労働者の範囲、②清算期間（3カ月以内）③清算期間における総労働時間、④標準となる１日の労働時間、⑤コアタイムを設ける場合は、その開始及び終了の時刻、⑥フレキシブルタイムを設ける場合には、その開始および終了の時刻—を定めることが必要です。
労使協定の必要的協定事項として、標準となる1日の労働時間（標準労働時間）がありますが、これは年休を取得した際に支払われる賃金の算定基礎として定めるものです。
行政通達上、フレックスタイムの適用を受ける者が年休を取得した場合は、当該日に標準労働時間の時間数を労働したものと取り扱うこととされています。
さらに、賃金の清算にあたっては、行政は実労働時間に「年次有給休暇取得日数×標準労働時間数」を加算して計算するとの解釈を示しており、半日単位の年休ならば「半日年休取得日数×標準労働時間×0.5」を実労働時間に加算して計算することになります。
フレックスタイム制において、年次有給休暇の半日単位の取得を運用するためには、フレックスタイムの労使協定及びおよび就業規則に、半日単位の半日とはどの部分を指すかを決めておく必要があります。この場合、コアタイムの有無や時間帯は関係ありません。例を示せば、「フレックスタイム制対象者が年次有給休暇を半日単位で請求する場合は、あらかじめ前半日（正午まで）は、または後半日（13時から）のいずれかを指定しなければならない」というような内容になります。
さらにフレックスタイム制の労使協定には、標準となる労働時間として、例えば「標準となる１日の労働時間は、第〇条に定める各清算期間の総労働時間を当該清算期間における所定労働日数で除した時間とし、年次有給休暇、出張等についてはこの時間を労働したものとみなす」と規定しておきます。半日単位の年次有給休暇を取得した場合は、この規定の1日の労働時間の半分を労働したものとみなすことになります。（岡本）
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